У більшості випадків (біля 70%) діарея після антибіотиків не є результатом розвитку одного патогенного штаму, а полягає в порушенні балансу кишкової флори. Дослідження показали, що збагачення бактеріальної флори корисними бактеріями, як під час, так і після закінчення антибіотикотерапії, дозволяє звести до мінімуму несприятливі наслідки вживання антибіотиків і знизити ризик виникнення різних кишкових інфекцій та діареї.
Європейське товариство з педіатричної гастроентерології рекомендує застосовувати під час діареї найбільш вивчені пробіотичні штами: Lactobacillus rhamnosus GG та Saccharomyces boulardii.
Штам S. boulardii більш стійкий до антибіотиків, ніж більшість пробіотичних мікробів, і тому найбільш ефективно підтримує антибіотикотерапію. Крім того, він знижує секрецію натрію в клітинах кишечника, що обмежує подальше зневоднення організму.
Бактерії штаму Lactobacillus GG колонізують тонку кишку і ефективно запобігають виникненню післяантибіотичної діареї, викликаної патогенними бактеріями, та збільшують вироблення різноманітних антитіл: зміцнюють природні захисні системи організму. Цей штам також демонструє ефективність при лікуванні ротавірусної діареї (кишкового грипу).
Згідно з останніми порівняльними дослідженнями (мета-аналізи) обидва штами демонструють однаковий ефект, і їх ефективність у зниженні ризику діареї після ліків досягає 58%.